C’est le 12 février 1957 que les Evêques de Belgique ont décidé de créer un Secrétariat National de l’Enseignement Catholique (SNEC), chargé d’assurer la coordination et l’unité de l’Enseignement catholique en Belgique.

Préalablement, des directions d’établissements s’étaient déjà regroupées en fédérations, d’après le secteur dont elles relevaient. C’est ainsi qu’avaient été constitués:

• en 1911, le Conseil Central de l’Enseignement Primaire Catholique et la Fédération Nationale de l’Enseignement Moyen Catholique;

• en 1919, la Fédération Nationale de l’Enseignement Technique Catholique;

• en 1920, la Fédération Nationale de l’Enseignement Normal Catholique;

• en 1931, la Fédération Nationale de l’Enseignement Spécial Catholique.
  
  

Par la suite, le besoin s’est fait sentir de créer également une Fédération Nationale de l’Enseignement Supérieur Catholique (1979), puis un Service de l’Enseignement de Promotion Sociale Catholique (1982).

L'extension continue du réseau a suscité un besoin accru de collaboration entre les différentes fédérations existantes. Des attitudes communes devaient être prises par rapport aux problèmes communs. L’Enseignement catholique devait resserrer ses rangs et devenir plus conscient de son unité. L’unité dans la pluralité par la coordination de l’ensemble: telle fut la mission confiée par les Evêques au Secrétariat National de l’Enseignement Catholique (SNEC) et à son homologue flamand.

Le 9 décembre 1993, suite à la communautarisation de l’enseignement, deux organes de coordination ont été constitués:

Le SeGEC, Secrétariat Général de l’Enseignement Catholique, compétent pour les Communautés française et germanophone (en allemand: SKU, Sekretariat des Katholischen Unterrichtswessens).
Le VSKO, Vlaams Secretariaat van het Katholiek Onderwijs, compétent pour la Communauté flamande.

SeGEC et VSKO ont été constitués en ASBL. En Communautés française et germanophone, le SeGEC exerce donc les compétences antérieurement dévolues au SNEC.

En 1995, le Conseil Central de l’Enseignement Primaire Catholique est devenu la Fédération de l’Enseignement Fondamental Catholique (FédEFoC).

En 1996, la Fédération de l’Enseignement Spécial Catholique a été intégrée selon les niveaux, respectivement à la Fédération de l’Enseignement fondamental catholique (FédEFoC), d’une part, et à la Fédération de l’Enseignement secondaire catholique (FESeC), d’autre part.

En 1999, la Fédération des Centres Psycho-Médico-Sociaux libres (FCPL) a été intégrée au SeGEC.
 
En 2004, le Service de l’Enseignement de Promotion Sociale Catholique devient la Fédération de l'Enseignement de Promotion Sociale Catholique (FEProSoC).
 
Depuis janvier 2004, de nouveaux statuts de l'ASBL SeGEC sont entrés en application. Ils expriment le basculement qui s'est opéré au sein des organes de décision du SeGEC (AG et CA): après une période de présence exclusive des fondateurs, les statuts consacrent dorénavant une représentation majoritaire des pouvoirs organisateurs. Ces statuts cherchent également à mieux articuler les relations entre PO et directions, et ce à tous les niveaux: local, diocésain et interdiocésain. Ils mettent en place des mécanismes de consultation qui doivent permettre au SeGEC et à ses instances de mieux prendre en compte le point de vue des PO et des directions et, à ceux-ci, de mieux se reconnaître dans les décisions prises, ou, à tout le moins, de mieux comprendre les raisons des choix opérés.

Le Conseil Général de l'Enseignement Catholique :

Parallèlement à ce mouvement vers une coordination plus solide de l’Enseignement catholique, les différentes composantes de la communauté scolaire – pouvoirs organisateurs, parents, membres du personnel – ont senti la nécessité de se grouper dans des organisations propres sur base de leur apport particulier à l’enseignement et dans le but de promouvoir les intérêts spécifiques de chaque groupe. C’est ainsi qu’ont été constituées successivement:

• Les Centrales Chrétiennes du Personnel: la CSC-Enseignement ;

• l’Union des Fédérations d’Associations de Parents de l’Enseignement Catholique (UFAPEC) ;

• l’Association des Pouvoirs Organisateurs de l’Enseignement Catholique (APOEC).
  
  

En 1972, la Conférence des Evêques a émis le vœu que ces organisations constituent avec elle et sous sa haute autorité le nouveau Conseil Général de l’Enseignement Catholique (CGEC), dans la conviction que la promotion de l’Enseignement catholique doit se baser sur la collaboration entre tous les groupes qui portent une responsabilité dans cet enseignement.
Les nouveaux statuts du SeGEC (2004) ont intégré les objectifs de l'APOEC. La représentation des pouvoirs organisateurs s'effectue aujourd'hui par l'intermédiaire des CoDiEC (Comités Diocésains de l'Enseignement Catholique).