Le Secrétariat général de l'enseignement catholique (SeGEC) organise différents services:

• Un service juridique
• Un service pouvoirs organisateurs
• Un service des investissements de l’enseignement catholique (SIEC)
• Un service gestion économique
• Centrale de marchés
• Un service d'étude
• Un service des internats
• Une commission interdiocésaine de pastorale scolaire (CIPS)
• Un service transport scolaire
• Un service communication
• Un service Europe
• Un service informatique
• Un service gestion interne

Ces différents services travaillent en étroite collaboration avec les cinq fédérations de l'enseignement catholique:

• La Fédération de l'Enseignement Fondamental Catholique (FédEFoC)
• La Fédération de l'Enseignement Secondaire Catholique (FESeC)
• La Fédération de l'Enseignement Supérieur Catholique (FédESuC)
• La Fédération de l'Enseignement de Promotion Sociale Catholique (FEProSoC)
• La Fédération des Centres Psycho-médico-sociaux Libres (FCPL)